As causas de endometriose ainda não estão completamente identificadas, mas certos fatores genéticos, o stress e as substâncias tóxicas são apontadas como as principais causas da doença.

Apesar de, atualmente, não ser possível impedir o desenvolvimento de endometriose, existem hábitos que podem contribuir para a sua prevenção. A Associação Portuguesa de Fertilidade (APFertilidade) lembra a importância de um acompanhamento regular através de consultas de ginecologia e hábitos de vida saudáveis, como exercício físico e a escolha de um método de contraceção adequado.

O procedimento que tem demonstrado maiores taxas de sucesso entre doentes inférteis que querem engravidar é a fertilização in vitro. Porém, casos específicos de endometriose não têm cura. Nestas situações, o tratamento deve ser orientado para o alívio da dor e dos restantes sintomas, permitindo o aumento das possibilidades de gravidez e da redução dos focos de endometriose.